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水稻表達譜晶片 Rice OneArray® v1

華聯生技與台灣農委會共同合作開發水稻表達譜晶片。 目前水稻表達譜晶片 v1 的雛型已階段性完成, 並通過基礎的品質驗證測試。此雛型晶片的探針設計是參考 RGAP v6.1 與 BGI 2008 基因體資料庫, 同時涵蓋 Japonica 與 Indica 兩個水稻品種的資訊。 設計原理採用 “一個基因,一個探針” 的概念,以 IMPORT 專利技術針對具有 GO (Gene Ontology) 資訊的基因序列設計高專一性探針, 並以自主的高速佈放技術生產,為當前具 GO 資訊基因涵蓋度最廣的表達譜晶片。 歡迎各方洽詢!!
 
 
探針資訊


水稻表達譜晶片 v1 探針內容
探針種類 探針數
基因探針設計資料庫: 21,179
          - RGAP v6.1
          - BGI 2008
控制探針數 824
總探針數 22,003



  基因探針
水稻表達譜晶片 v1 的探針設計, 是華聯技術團隊參考 RGAP v6.1 與 BGI 2008 基因體資料庫進行設計, 以具有 GO 資訊的基因序列為主, 藉由經年累積的經驗所研發之基因註解運算流程,設計具高度專一性的長鏈 60 個鹼基寡核酸 (sense-strand) 的基因探針, 內容包含 Japonica 與 Indica 兩個水稻品種, 每一個探針對其來源資料庫的目標基因皆具高度專一性,避免非目標基因的雜交影響。

此外,華聯專業團隊建構 ”華聯探針註解搜尋引擎” (PASS) 網站,方便使用者查詢各探針相對應於 NCBI 及 Ensembl 資料庫的詳細註解。

<<更多基因探針資訊>>


  • README file (下載)
  • Gene Lists (下載)
  • GAL Files (下載)
  • GAL Files (200 block ) (下載)
  • Probe Sequences (下載)
  • 華聯探針註解搜尋引擎 (PASS) <<連結>>
  • PASS 註解 (下載)
 
  控制探針
為確保晶片數據品質,華聯技術團隊經過一連串的測試及驗證, 設計一系列的品質控制探針,以監控完整的晶片實驗步驟,包含樣本 RNA 完整性、 樣本 RNA 放大流程、螢光標記效率、晶片雜交、晶片掃描等。
<<更多控制探針資訊>>



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