科研服務 > 晶片服務 > 表達譜檢測 OneArray plus

 
 
   OneArray plus 與舊檢測方法比較
使用華聯人類表達譜晶片 (Human OneArray) 作測試,全新晶片檢測技術 OneArray Plus 的探針平均訊號強度 (Cy5 Intensity) 與內部雜交對照探針 (Intrinsic Hybridization Control) 強度,比舊的檢測方法超出 2 倍螢光訊號。由於 OneArray Plus 相當於大幅度地提升了晶片的靈敏度,許多以往因表達過低而無法測得數據的基因探針,可以利用此新技術分析其基因表現。
檢驗項目 OneArray OneArray Plus
可分析點數 18,409 28,782
平均訊號強度 (gene probe) 1,810 4,025
內部雜交對照探針強度 49,665 127,238
   數據驗證
Human reference RNAHuman Brain RNA 為測試樣品,利用 OneArray Plus Kit 進行 RNA 放大、螢光標記與晶片雜交。取 5 μgaRNA (以 Cyanine 5 標記) 進行雜交反應後,以 Human reference RNA 為基礎,計算Human Brain RNA / Human reference RNA 比值。挑選出上調、下調及未明顯差異表達的基因,同時進行 qPCR 的實驗。將晶片數據與 qPCR 結果相比較,結果顯示 OneArray Plus 數據與 qPCR 結果的相關性達 0.913。與舊方法比較, OneArray Plus 有效基因數更多、與 qPCR 相關性更高、資料壓縮程度更低。
   重複性與再現性
重複性 (Repeatability) 測試是使用相同 Hela RNA 樣本進行三片 OneArray Plus 晶片實驗,再現性 (Reproducibility) 測試則是由兩位操作人員使用相同 Hela RNA 樣本,分別進行兩次實驗。表格中紅色區域是重複性試驗,各實驗間的整體相關係數 R = 0.988~0.993,白色區域是再現性試驗,各實驗間的整體相關係數 R = 0.978~0.995,顯示相同樣品的晶片數據間具有絕佳的重複性與再現性。
   靈敏度 / 動態範圍測試
對於一般的表達譜晶片實驗,樣本中的基因表現量往往超過傳統晶片掃描器能夠支援的16-bit偵測動態範圍,造成實驗人員的困擾:若採用高靈敏度的掃描設定,雖然可以偵測到低信號的探針點,但將會產生許多基因探針的訊號達到飽和而無法分辨其表現差異。若採用低靈敏度的掃描設定,則有許多低訊號的基因探針無法分析。 Agilent extended dynamic range (XDR) 技術針對同一片晶片,以最高靈敏度的 PTM 設定與低靈敏度的 PTM 設定,進行兩次掃描,再將兩次的掃描結果經過運算合併成一個數據,不但原本訊號飽和的基因探針可以分辨其 Cy5 Intensity 差異,更能夠偵測到許多原本訊號極低或無訊號的基因探針,大大地增加了可分析的基因探針點數。
   OneArray Plus FAQ
  Q1、新舊方法間的差異和優缺點為何?  
 
 
Q2、我之前有用過舊方法得到一批data,現在想用新方法再多檢測幾個檢體,並將數據一起比較,是否可行?  
 
 
Q3、新方法的點數和強度都多於舊方法,是否表示偽陽性較舊方法高? 或者表示舊方法偽陰性高?  
 
 
Q4、可否提供驗證數據說明,OneArray Plus方法所增加的數據是確實可信的?  
 
 
Q5、新方法所得的數據,和那一個平台的數據較為接近?  
 
 
Q6、新方法和其他廠家的數據,是否有作過比較,是否有優於其他平台?  
 
 
Q7、我是第一次作晶片服務,可否建議我那一種方法較優,適合我的研究?  
 
 
Q8、小 RNA 晶片是否也適用新方法的操作方式?  
 
 
Q9、OneArray Plus 方法進行的芯片數據,在上傳 GEO 的時候,是使用原先的 platform,還是要另外新增 platform?  
 
 
Q10、在我的 OneArray Plus 數據中,多少以上訊號的點視為可分析點 (訊號強度可信?)、訊號的最大/最小值是多少?