科研服務 > 第二代定序 > miRNA 研究

 
運用第二代定序 (Next generation sequencing, NGS) 或稱為高通量測序 (High throughput sequencing) 的技術, 除定序外,還能能精準的進行 miRNA 定量, 加速新 miRNA 的發現, 為當前研究 miRNA 最有力的工具。 華聯生技與知名的 miRNA 團隊合作,以專業的的經驗, 提供客戶另一個嶄新的服務選擇。
 
 
   機型 / 軟體
  • Illumina Genome Analyzer IIx
  • ACGT101-miR* 分析軟體

  • * Li, M. et al. MicroRNAome of porcine pre- and postnatal development. PLoS One 5, e11541.
       報告範例
    miRNA 定序報告會依序列比對的結果, 分成 4 個群組進行整理, 包含 miRNA 的序列及其表現量、 所有 isoform 的拷貝數、 對應的前體 (pre-miRNA 長度)、CG%、MFEI 值(minimal free energy index) 與二級結構簡圖等, 以圖或表格的方式,更直覺的呈現分析的結果。
    • Reads 初步篩選

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    mRNA 的表達檢測為例, 先參考基因的 RefSeq ID 進行 SYBR Green 系統的探針設計後, 以 universal reference RNA 為樣品測試產物的專一性。 單一波峰表示僅有一個 PCR 產物,如右圖所示。


    • miRNAs 分群

    <<按此圖片放大>>
    將資料比對到 miRNAs, 根據物種保守性分為四組︰
    Group 1:Reads 可比對到 miRBase 中已知的人類或其他哺乳動物的前體 (pre-miRNAs), 並且前體可以進一步比對到人的基因組;或可比對到人類其他部分的基因組,並且在基因組上延伸可以形成髮夾結構 (又分成 1a,1b,1c 三小組);
    Group 2:Reads 可比對到 miRBase 哺乳動物前體, 前體不能進一步比對到人類的基因組,可以比對到基因組上,延伸的基因組序列可以形成新的髮夾結構;
    Group 3:Reads 比對到哺乳動物前體,前體不能比對到人類基因組上, 同時也無法在人的基因組上形成新的髮夾結構;
    Group 4:Reads 直接比對到定序物種基因組上並且在基因組上延伸可以形成新的髮夾結構 (Reads 未比對上已知的 miRNAs)