科研服務 > 第二代定序 > 植物降解組
植物 miRNA 與 mRNA 完全或接近完全的配對結合後,
會引起目標基因在配對的第十位核酸上發生剪切,進行基因表達的調控。
伴隨第二代定序的進步,利用 PARE* (Parallel Analysis of RNA Ends) 方法,
以降解組定序(Degradome Sequencing)測出剪切位點,
被剪切的 3’ 片段以 RNA 連接酶連接上 5’ adaptor 後,
經反轉錄形成雙股 cDNA,
再以 EcoP 15I** 酵素切位接上 3’ adaptor 後往下進行定序分析。
目前此方法已成功應用於阿拉伯芥,水稻等植物的降解組定序上。
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* German, M.A., Pillay, M., Jeong, D.H., Hetawal, A., Luo, S., Janardhanan, P., Kannan, V., Rymarquis, L.A., Nobuta, K., German, R. et al. (2008) Global identification of microRNA-target RNA pairs by parallel analysis of RNA ends. Nat Biotechnol, 26, 941-946. | ||
**Addo-Quaye, C., Snyder, J.A., Park, Y.B., Li, Y.F., Sunkar, R. and Axtell, M.J. (2009) Sliced microRNA targets and precise loop-first processing of MIR319 hairpins revealed by analysis of the Physcomitrella patens degradome. RNA, 15, 2112-2121. | ||
機型 / 軟體 |
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報告範例 |
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Category 分類的定義如下: Category 0 : 在目標基因中只有出現一個剪切位,且此位置在該基因的 Reads 數最高; Category 1 : 有一個以上的剪切位,且這些位置在該基因的 Reads 數皆最高; Category 2 : 判定的剪切點,Reads 數高於該基因的平均 Reads 數, 但其少於該基因 Reads 數最高的片段; Category 3 : 判定的剪切點,Reads 數少於該基因的平均 Reads 數; Category 4 : 判定的剪切點,但 Reads 數只為 1。 |
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