產品資訊 > 大鼠表達譜晶片 Rat OneArray® v1 > 技術支援 \ 內部品質控制探針

 
  Rat microarray for gene expression   大鼠表達譜晶片為全新開發的表達譜晶片產品,與其它表達譜系列產品一樣, 採用 “一個基因,一個探針” 的設計原理,以 IMPORT 專利技術針對蛋白質編碼基因設計高專一性探針, 根據 RefSeq 42Ensembl 59 資料庫進行探針的設計, 提供高基因覆蓋率的表達譜晶片,以自主的高速佈放技術進行晶片生產。


 
 
  內部品質控制探針
為了監測樣品備製備過程中 RNA 放大的效率、樣品 RNA 的完整性及雜交效率等, 在每一晶片上設計有三組內部品質控制探針,分別為內部雜交對照探針 (IHC, Intrinsic Hybridization Control) 、 內部雜交對照梯度訊號探針 (IHL, Intrinsic Hybridization Ladder)、 內部目標品質對照 (ITQC, Intrinsic Target Quality control)
 
   
中文名稱 代號 探針編號 設計目的 說明
內部雜交對照探針 IHC PH_rnC_0000015 監測樣品備製與雜交效率 IHC 是包含了22housekeeping gene 的混合探針,可作為陽性控制探針,平均分佈在整個晶片陣列,共有超過 95 個重複。
內部雜交對照梯度訊號探針 IHL PH_rnC_0000016 ~ PH_rnC_0000023 監測樣品備製與雜交效率 IHL 是來自於 IHC 的連續稀釋。經過雜交,IHL 的數據可反應出濃度與訊號強度的趨勢線,作為樣品備製與雜交反應的整體效能指標。
內部目標品質對照探針 ITQC PH_rnC_0000001 ~ PH_rnC_0000014 監測樣品 RNA 長度以評估完整性與放大處理過程 包含 6 個內參照基因,每個基因於自 3’ 端起算的 300~600 bp、900~1200 bp 各設計 1 個探針。
• 內部雜交對照梯度訊號探針 (IHC / IHL)

參照 OneArray® 使用說明設定掃描器後,IHC 訊號值會到達飽和或趨近飽和 (~60,000)。此時,IHL 的訊號值由低濃度到高濃度會呈現線性遞增的現象。
 
 
    • 內部目標品值對照探針 (ITQC)
   
代號 基因名稱 300-600 nt 900-1200 nt
ITQC_Sdha succinate dehydrogenase complex, subunit A, flavoprotein (Fp) (Sdha) PH_rnC_0000001 PH_rnC_0000002
ITQC_Tbp ATA box binding protein (Tbp) PH_rnC_0000003 PH_rnC_0000004
ITQC_Sptbn1 spectrin, beta, non-erythrocytic 1 (Sptbn1) PH_rnC_0000005 PH_rnC_0000006
ITQC_Wrnip1 Werner helicase interacting protein 1 (Wrnip1) PH_rnC_0000009 PH_rnC_0000010
ITQC_Hmbs hydroxymethylbilane synthase (Hmbs) PH_rnC_0000011 PH_rnC_0000012
ITQC_Gusb glucuronidase, beta (Gusb) PH_rnC_0000013 PH_rnC_0000014

   
    在實驗流程及放大效率良好的情況下,所有的 ITQC 探針都可以測得訊號, 而且越靠近 3’ 端的探針會有較高的螢光訊號值, 上圖為 ITQC 探針測試的結果。