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  Yeast microarray for gene expression   酵母菌表達譜晶片 v1 的探針是採用 Operon Yeast Genome Array-Ready Oligo Set (AROS) v1.1Yeast Brown Lab Oligo Extension (YBOX) v1.0 探針組資訊所設計, 為長鏈 70 個鹼基寡核酸探針。 酵母菌表達譜晶片 v120103 月上市。 探針皆設計在離 3’750 鹼基以內的序列,適合用來進行基因表現的研究。

 
 

  陰性控制探針
 
晶片實驗的設計上,常需要利用陰性探針 (Negative Control) 的設計來監測或確認實驗的流程。 因此,在酵母菌表達譜晶片的針設計上,包含 Operon Yeast Genome Array-Ready Oligo Set (AROS) v1.1 探針組中 12 種陰性探針, 並另外加入 ArrayControl™ RNA SPIKE 探針組及外部品質控制探針組 (ETQC), 此兩組探針與酵母菌目標基因皆不會產生雜交的反應,可規劃作為監控實驗流程的外源性探針。
 
 
    • AROS v1.1 陰性探針
   
探針編號 探針名稱 探針功能說明
YCONTROL02 Operon Negative control_1 Randomly_generated_negative_control
YCONTROL04 Operon Negative control_2 Randomly_generated_negative_control
YCONTROL19 Operon Negative control_3 Randomly_generated_negative_control
YCONTROL57 Operon Negative control_4 Randomly_generated_negative_control
YCONTROL60 Operon Negative control_5 Randomly_generated_negative_control
YCONTROL63 Operon Negative control_6 Randomly_generated_negative_control
YCONTROL77 Operon Negative control_7 Randomly_generated_negative_control
YCONTROL91 Operon Negative control_8 Randomly_generated_negative_control
YCONTROL97 Operon Negative control_9 Randomly_generated_negative_control
YCONTROL98 Operon Negative control_10 Randomly_generated_negative_control
YCONTROL99 Operon Negative control_11 Randomly_generated_negative_control
YCONTROLAF Operon Negative control_12 Randomly_generated_negative_control
 
 
    • ArrayControl™ RNA SPIKE
 
    ArrayControl™ RNA SPIKE 探針組經由 Ambion 公司授權, 可使用於 OneArray® 晶片產品上。由下方的實驗結果顯示, 當實驗過程中沒有外加經螢光標記的 ArrayControl™ RNA SPIKE 的目標序列時,樣品與晶片雜交後, ArrayControl™ RNA SPIKE 探針組的訊號會趨近於背景值。此結果驗證 ArrayControl™ RNA SPIKE 探針組序列的外源性, 不會與人類目標基因發生雜交的現象,可以用來當做監控實驗流程的外源性控制探針。
 
   
代號 Ambion 代號 F635 Mean F532 Mean
AM_c_0000015 Array Control RNA SPIKE 1 79 72
AM_c_0000016 Array Control RNA SPIKE 2 211 75
AM_c_0000017 Array Control RNA SPIKE 3 139 97
AM_c_0000018 Array Control RNA SPIKE 4 137 86
AM_c_0000019 Array Control RNA SPIKE 5 213 90
AM_c_0000020 Array Control RNA SPIKE 6 142 82
AM_c_0000021 Array Control RNA SPIKE 7 103 95
AM_c_0000022 Array Control RNA SPIKE 8 66 66

   
 
 
 
    • 外部品質控制探針組 (ETQC)
 
    ETQC 探針組為一組特別設計的外源性探針, 可用來監測晶片的雜交品質。由下方的實驗結果顯示,當實驗過程中,沒有外加經螢光標記的 ETQC 的目標序列時, 樣品與晶片雜交後, ETQC 探針組的訊號會趨近於背景值。 此結果驗證 ETQC 探針組序列的外源性,不會與人類目標基因發生雜交的現象, 可以用來當做監控實驗流程的外源性控制探針。
 
   
代號 參考資料 F635 Median F532 Median
PH_c_0000066 NM_202341.1
(Entrez Gene ID: 842522)
50 74
PH_c_0000067 NM_122927.2
(Entrez Gene ID: 833497)
59 79
PH_c_0000068 NM_001036207.1
(Entrez Gene ID: 843854)
73 89
PH_c_0000069 NM_104167.4
(Entrez Gene ID: 841722)
49 84
PH_c_0000070 NM_129890.3
(Entrez Gene ID: 818930)
87 98
PH_c_0000071 NM_106286.3
(Entrez Gene ID: 843969)
46 79